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索马里历经连年内乱，总体安全形势严峻。极端反政府武装在索首都摩加迪沙所在的贝纳迪尔地区频繁发动自杀式炸弹、汽车炸弹、火箭弹袭击等暴恐活动并造成严重伤亡。在索中、南部的加尔穆杜格州、希尔谢贝利州、西南州、朱巴兰州，索国民军、非索支助稳定团（AUSSOM）部队与索极端反政府武装之间的交战仍在持续，平民遭遇暴力袭击和绑架等事件时有发生。北部自宣“独立”的索马里兰州和已高度自治的邦特兰州局势相对稳定，但索马里兰州东部地区武装反抗并宣布脱离索马里兰加入索马里联邦，导致冲突时有发生。邦特兰州和索马里兰州争议地区经常发生纠纷甚至武装对峙，造成人员伤亡；两州治安形势亦不稳定，恶性案件时有发生。
索大部地区属热带沙漠气候，西南部属热带草原气候，终年高温，气候总体干燥但雨季降水比较集中。主要自然灾害为旱灾、沙尘暴和洪灾。2010年至2012年，索发生严重旱灾，造成人道主义灾难，约26万人饿死。2016年至2017年、2022年至2023年出现两次严重旱情，累计上千万人受灾。2023年10月，索境内受秋季雨水影响，发生大规模洪灾，受洪水影响的人数已超过100万人，流离失所者超过50万人。
索食品卫生状况较差，痢疾、霍乱、伤寒等食物和水传染疾病多发。
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