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巴空运发达，全国有240多个大小机场以及停机坪。首都托库门国际机场是中美洲最大的机场，有30多家航空公司运营，与美洲各国航空连接便捷。
2018年，中国国航开通北京-休斯敦-巴拿马城直航班机。受新冠肺炎疫情影响，该航线于2020年2月暂时停飞，复飞时间未定。
机场至市区出租车费约为25至30美元，可与他人共乘并分摊费用。
巴全国有公路11384.41公里，各城市乡镇间主要以公共汽车为大众运输工具。铁路部分仅巴拿马城至科隆城一段通行货运及旅游列车。市区街道狭窄，多为单行道，重要路段上下班时间塞车情形较严重。车辆右行。当地人开车有乱闯红灯、任意变换车道、不打方向灯等，车祸时有发生。开车须特别小心，尤须注意出租车及公交车辆横冲直撞。
因运河地利之便，巴成为大西洋与太平洋之间运输要道，也是中南美洲转口中心，海运业为国家经济命脉之一。巴政府亦开始发展邮轮旅游，增进旅游收入。但当地人日常出行较少使用水路交通。
公交车车次少，服务质量一般，车上扒手较多，搭乘需留心财物。巴城有一条地铁线，市区有出租车，但车况不佳，无计价器，需事先谈妥价格，时有乱收费、乱停车现象。偶有出租车司机载客至郊外抢劫甚至劫杀，建议只在市中心搭乘。此外，巴拿马城有网约车UBER服务。
一、巴拿马城。巴拿马首都，全国第一大城市，也是巴拿马省省会。
二、科隆市。巴拿马第二大城市，科隆省省会，科隆自由贸易区所在地。
三、大卫市。农业大省奇里基省省会，巴拿马西部最大城市。
四、圣地亚哥市。委拉瓜斯省省会，中部最大城市。
